Sesuai dengan ketersediaan Tenaga Pendidik di SMA Al-Muhafizhoh, maka sejak awal berdiri hingga saat ini, Peminatannya adalah Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Dengan ditunjang beberapa alat praktikum yang memadai, diharapkan peminatan MIPA mampu meningkatkan prestasi para siswi, terutama di bidang akademik.